生信学习笔记

学习生信的步骤:

1. Start with a foundation in Python/R and bash

In Python/R: Just get to the point where you can read in data and run a statistical test.

In Bash: Be able to navigate around directories, open files, and run a program (like sort, uniq, or wc) and output the result to a file. Check out my intro video on bash for quick tutorial on getting started on the command-line.

2. Do a small project

3. Occasionally do tool safaris

4. Build tools to fill gaps as they come up in your research

40岁男人备忘录

哈哈。想到这个很类似小说的标题。

40岁生日那天,小龟给准备了一身潮装。可惜在广西的公司同事关系没有在北京的公司那么融洽,没有什么人讨论我的衣服问题:)哈哈

晚上有小龟准备的一大桌好吃吃,还有女儿准备的一盒礼物——画画、乐高手工。因为要准备这些,女儿紧张了一个星期。小人有小人的紧张,大人表示难以理解。

进入40岁,从岁数上看,不得不承认自己不再“年青”。可是今天听好玩的、”从中国出发的全球史”转述人段志强说自己还年青。然后,我也觉得,自己还可以算年青,至少心态上是年青的。写到这里,查了一下段志强的年龄,1980年生……。不得不说,段老师比我更从容、更有趣。不能人比人啊……

40岁,很庆幸,乙肝神奇转阴。但仍然紧张自己的身体,因为天门冬氨酸转氨酶高,查了一轮,肝弹性、肝吸虫;又因为天门冬氨酸转氨酶还可能与心脏有关,加上觉得心脏不舒服、有隐隐的痛,又做了心脏B超、心电图。结果什么问题都不同有查出来。

因为公司遇到危机,我却突然认识到“踏实肯干”的重要性。所以在40岁前,开始全身心地投入工作,努力让自己发挥应有的作用。这又是另一件值得庆幸的事情。

40岁,还要年青地活着。努力地成长,努力地想办法挣钱,改善家里的生活。虽然有比同龄人更多的压力,但也算是一种“抗衰老的良药”吧。

2019年回顾和2020年展望

去年元旦前后觉得,在一年结束、新的一年开始的时候,做一下回顾和展望,还有有好处的。今天再来写一篇。

在写之前,觉得今年一年没有完成之前的计划,比如读完那本《Beyond Feeling: Critical Thinking Guide》,没有坚持写作。但翻出年初的计划,发现没有读完那本书的计划,写作的期望倒是有的,另外一条“坚持水彩”更多地放弃了。体重成功控制在120斤以内了。

2019年,变得更穷;但还在踏实地努力着。但现实促使我更急切地学习。然而,没有找到方向。另一方面,思思即将入学,做为父亲,似乎也该多为小孩提供一些指导和帮助了。小龟可能快要上班了。对她的工作要有一些支持,家庭里也要多承担一些。

那么,2020年,怎么理出个头绪来呢?

第一,做好工作。帮助公司在分子生物学上建立、修正好原有的体系。建立2-3套新技术,为项目申请做准备。

第二,再花半年时间,学习并熟练生物信息学,后半年开展做生物信息学的研究工作,为SCI或核心期刊投稿做准备。

第三,上半年,学习小学数学相关书籍,为帮助思思上学做准备。

第四,过好家庭生活。定期安排户外活动、交流活动。

第五,坚持锻炼,保护好身体。

第六,读2本以上英文书。

全球化挑战:多文化冲突——香港现状乃是全球缩影

香港的混乱,两岸三地,民众日益关注,讨论也越来越强烈。部分明星、大V开始自愿或不自愿地公布立场,划清界限。平时不关系时事的人也忧心忡忡,或担心自己的家人在事件中受伤,或因此暂时推迟香港的旅行计划,或改变孩子在香港学习的规划。

当我重新思考香港时,发现我对香港并没有实质的了解。我了解的只有香港电影、流行歌曲、武侠小说、凤凰卫视,“香港是购物天堂”等等,遥远而模糊的认知。

走在广州的街头,我可以看到各种肤色、穿着各种不同服饰的外国人。曾经有新闻报道,广州警察清查非法移民,导致大量黑人围堵派出所。可见,在中国大陆这样经济水平处于初级阶段、对外开放只有短短几十年,而且劳动力充足(最近几年才出现劳动力短缺)的地方,外来人口的流入已经显著可见。

我对香港的认识里并不包括香港的人口构成、价值主张、文化信仰。让我脑补一下: 香港有大量的外来人口,其中包括大量的外国人口: 印巴人、东南亚人、欧美、非洲人。这些人从事着门童、顺丰小哥、菜市小贩、佣人(据说非常多菲佣)、医生、律师、法官等等的工作。他/她们和华人一起工作、生活,甚至恋爱、组成家庭,深刻地影响着华人的文化。我想象了一下佣人对一个家庭的影响。几部电影都谈了佣人——刘德华主演的《桃姐》、去年奥斯卡影片《罗马》,还有高晓松、冬吴同学会都谈过这样特殊的影响。菲律宾主要信奉基督教。菲佣大多受到良好的教育和培训。日常生活中潜移默化的影响难以估量。

再来看香港华人。英国开始殖民香港时,香港还是个小渔村。可见如今的香港人绝大部分是外来人口。他/她们为什么来到香港?一开始,大概是因为港口的发展需要劳工。后来战乱年代,相当一部分人是为了逃避战乱。这里面除了普通平民,还有国民党政府权贵的家属。后来,又有从大陆偷渡的、为谋生的人、或“逃犯”。以及改革开放后,到香港追梦的人,或求学或工作的人。他们随后经历了香港的高速发展。他/她们熟悉资本主义文化价值观——平等、自由,相信个人努力与个人意志;当然他/她们秉承中国传统概念,但估计很大程度上不认同大陆的政治主张,“忠孝仁义信”中的“忠”在消解、衰退,至少对国家的“忠”是这样的。所以简单地把香港人归为中国人,是值得商榷的。我觉得,把香港人归为华人都有点不太确实,因为香港有大量外国人。

在我看来,如今香港的示威行动(如今已被官方定性为暴力行动)从根本上来说是文化上的冲突。香港回归之初,大陆政府就提出一国两制,首先是一国,然后是两制。香港政府,也在一定程度上认可这种说法,在中小学教育中,加强一国的教育,增加普通话的教育。但相当一部分香港市民很现实地认为:香港学习压力大,竞争激烈。再增加普通话教育,影响他们小孩学习英语及未来的职场竞争。这是文化冲突的具体表现实例。

我们把目光放的更远一些,看向美国欧洲。他们也面对移民的问题。大量的移民进入他们国家,带入了移民本身的文化。对国家原来的居民也带来了大量的文化冲突。所以有了特朗普的反移民政策。也有欧洲的各种反对移民的呼声。同时还有外来移民以及受外来移民观念影响的白人对原居民的利益损害、暴力冲突,甚至恐怖袭击。

在未来二三十年或者三四十年,甚至五六十年,估计冲突仍然无法避免的存在,甚至在某些地区、某些时期,会表现的更为猛烈。我期盼:随全球化的发展,人们越来越融合,和睦地生存在这个蓝色的星球上。然而我无法想象以什么样的一种方式融合。基督教、穆斯林、共产主义……恐怕很难统一整个世界的思想。大部分人仍然有为自己利益诉求而保持着一种多变的信仰状态。也许未来一个人会在他的一生中不断的切换他的信仰(这种信仰往往是部落化的,容易被主流意识所忽视的。)随着时间和境遇的变化而不断的变化。这让我想起了《三体》里面不同时期的人们对信仰的转移,也想起梁文道“八分”节目提到的很奇怪的虚构信仰——绝地教。生星际教徒生活在自己的家里,以一种类似于《星球大战》那部电影里的绝地战士一样的方式来生活。这种很小众或者往往不被人们发觉的信仰形式,可能更是未来的一种趋势,大众信仰的一种趋势。未来也许并没有一个大一统的信仰可以帮助我们统一这个地球。那么,信仰以及更丰富的文化之间的冲突,或者说多样性会一直存在下去,而且这种多样性是不断的变化的。人们只能学会如何在多样性中共存。人类必须学会更大的包容性。这就是我观察到的,由香港观察到的,我想到的未来的世界。

还有一点,科技、社交媒体,在这个时期推波助澜。在我们的有生之年,我们享受着、见证着这个科技推到的快速发展的伟大时代,同时我们必将要承受这种巨大变革带来的文化冲突。生活在这个伟大而动荡的时代,是我们的幸还是不幸?

为什么要学linux?

初学python,在windows下完成一些简单的编程,对python有了一些基础的了解。也遇到几个明显而且急迫需要解决的困难:

  1. 读懂别人写的代码。有相当多的代码,我仍然无法理解,也就无法学习或借用。
  2. 进入社区,参与代码讨论。不会把自己的代码打包,发布到社区上。不了解有哪些社区合适我,也不了解它们的玩法。
  3. 运算速度慢,却不会分析如何提高运算速度。
  4. 不会调用外部程序。

进一步学习Martin Jones的第三部python书,开始更多地在linux上举例。于是,我就跳进了另一个坑——linux。这个坑和刚学python时的体验很相似:大量的时间耗在软件安装和配置上。

但随着学习的展开,模糊地认识到,python可以方便地调用命令行(linux常用命令行),而很难直接操作windows的图形界面。这为python调用其他程序提供了便利。

读《黑暗森林》有感

刘慈欣的《三体》充满了对人类的思考,甚至有批判的味道。也说明作者对人类有理性的分析,并在科幻的角度展开这样的分析。

即便作者在用冷冰冰的理性展开《黑暗森林》的情节,但在结尾仍然大肆宣扬了艺术中永恒的主题——“爱”。

作者展开情节时,表现出足够的耐心。这样的耐心使得科幻小说可以更细节地展现作者对未来技术的设想和描述。

用python做生信分析

DNA互补序列

代码1:

dna_sequence_orange = "ACTGATCGATTACGTATAGTAGAATTCTATCATACATATATATCGATGCGTTCAT"
complement1 = dna_sequence_orange.replace("A","t")
complement2 = complement1.replace("T","a")
complement3 = complement2.replace("G","c")
complement4 = complement3.replace("C","g")
dna_sequence = complement4.upper()
print(dna_sequence_orange)
print(dna_sequence) 

代码2:
dna_sequence_orange = "ACTGATCGATTACGTATAGTAGAATTCTATCATACATATATATCGATGCGTTCAT"
dna_sequence = list(dna_sequence_orange)
i = 0
lenth = len(dna_sequence)
A = "A"
T = "T"
C = "C"
G = "G"
for i in range(lenth):
if dna_sequence[i] == A:
dna_sequence[i] = "T"
elif dna_sequence[i] == T:
dna_sequence[i] = "A"
elif dna_sequence[i] == G:
dna_sequence[i] = "C"
elif dna_sequence[i] == C:
dna_sequence[i] = "G"
else:
print("The is something wrong in the sequence")
i = i + 1
print(dna_sequence_orange,''.join(dna_sequence),sep='\n')

继续阅读用python做生信分析

记录:给小妞讲希腊神话

由于个人的特点,与小妞的情感联系大多建立在给她讲故事上。前几天,自己得意洋洋地买了本《多莱尔的希腊神话书》,意欲和小妞一起了解最原起的西方文化。本来小妞一起听得津津有味,但讲到特罗诺斯把自己的5个小孩吃到肚子里去。小妞一直纠结在“为什么爸爸把自己的孩子吃了”的问题。

神经大条的我,开始讲一种理论:爸爸不想让自己的孩子长大后抢他的王位,就把小孩吃到肚子里,不让他们长大……

最后,小妞害怕起来。入睡后,没过多久,惊醒,大哭,快速爬起打开灯。

过后几天,一直要求晚上不要讲故事了,还要求只要妈妈陪。

慈悲心

“为什么唐僧不会打怪兽,还是三个徒弟的师傅?”——小朋友问了一个不那么好回答的问题。

唐僧有什么值得三徒弟追随的品质呢?第一点是对佛教的信仰和追求。这种信仰和追求给自己和身边的人以力量。

第2点是唐僧有更大的慈悲心,对人间的苦难怀有深切的同情。这样子的心理既不增强了唐僧对佛教的信仰和追求。

小妞的手工

小妞在绘画和手工上表现出令父母惊叹的创造力。


在音乐上,已经能分辨一两首我们常听的曲子。可以进一步培养。

英语上,只要坚持,相信一定可以掌握。

父母担心的是,科学技术方面还没培养出兴趣。打算在适当的年龄,引入这方面的兴趣培养。