课题设计的那些“坑”

引言:本来打算写这么一篇文章,发在公司的公众号上。但又担心一些客户对号入座,所以暂时写在这里。以后发在哪里,再考虑。

对大多数临床医生来说,他们非常熟悉疾病,他们非常清楚疾病在不同个体之间的差异。但是具体的细胞或者分子水平时,往往并不清楚。

有一些原代细胞培养起来非常困难,如果再设计一个扩大培养的实验,那么这个课题可能在细胞培养阶段就难以继续。

也许之前会查很多文献介绍,这些细胞是可以培养的。但是要小心这些文献的可靠性:一看期刊。找权威的期刊,看影响影响因子高的期刊,办刊历史长的期刊,同时警惕一些高分“水刊”;二看通讯作者的单位。

最可靠的方法还是在课题设立之前,尝试培养这些细胞,了解培养的难度和它生长的特性。

分子水平上,要考虑研究的分子(基因、蛋白)是否有很多的变体?他们的表达水平是什么样的?对细胞是否必须?或者他们的表达水平的变化是否会严重的影响了细胞的生长?或者细胞存在某些机制限制分子表达水平的波动?

如果你想做基因的过表达,或者基因沉默甚至敲除,您要查一下文献,看有没有人实现过,或者有报道说实验已经失败了。特别是一些跨膜蛋白、转录因子,要特别小心。很可能由于细胞内在机制,或者分子的毒性,导致这个基因无法过表达,或者这个基因表达量过低时,细胞可能死亡。

如果存在多个变体,那么就要考虑,在做qPCR和WB等实验时,检测哪个变体,还是需要检查全部变体。另一方面有可能一个变体的变化会导致另外的变体的补偿,导致看不到细胞功能的变化。

引物设计和抗体选择,也都要考虑到变体的影响。否则,杂带……。

还有,就是成本核算。科学家也需要算账。现有可以购买的试剂,可以使用的设备,技术摸索的成本……

前期工作做到位,后面几年少遭罪。

霍金的死——家人的解放

霍金去世了。朋友圈里,大家纷纷致哀致敬。

很抱歉,我看到这一新闻时,第一反应是他的老婆终于解放了。霍金的簇拥者看到我这样的反应,大概会痛骂我一顿。但没办法,这就是我心中的真实想法——第一反应。很抱歉,我说出来了。因为我以前看过报道说,因为身体的原因,霍金非常的敏感、警惕。哪怕他的爱人对别的男人表现出一点点好,他就大发雷霆,醋意满满。

我写到这里,突然觉得没法往下写,因为我对霍金以及他的太太很不了解。于是我觉得要查一查资料。了解一下这两个人以及这两个人的故事。

于是,半个月后,看了电影《万物理论》

许知远《十三邀》

因为广告的关系,了解到许知远的音频节目《十三邀》。

对这种以采访形式开展的音频节目,心中有一种熟悉感和亲切感。许知远曾是经济观察报的主编。能够聆听和感受一个中国顶级经济类媒体前主编的采访,很高兴而且受益。

顾名思义,这个节目的目的就是要采访当代中国不同人对这个时代的感受。因此今天这个节目也能够了解到不同的中国人的思想和经历。不同的角度。可以给我不同的视角和启发。所以非常喜欢这个节目。

许知远是一个不断去分析自己和社会的人,而且是一个批判现代社会的人。噢,请原谅我用这个词。也许并不太恰当,但是他确实有很多对现代的批判。所以他有很多“思辩”的东西。他把他这些思辨、批判的观点,带到了采访的过程中,与人探讨。

我很惊讶于:原来聊天可以这样聊天。有些采访几乎只有在谈理论,没有实际的内容。这可能就是所谓的思想上的交流。

另一个让我惊讶的是,新闻媒体主张的公正客观;而许知远在引语中就提到了,他带着他的偏见出发,期待偏见被毁灭,或者是被再次印证。

在客观和现实的角度来看,几乎没有记者或者是报道文章可以做到完全的客观和公正。许知远能够明确地把这一点提出来,也算是客观地面对了自己偏见。

red和rɛd——音标的困惑

我们在学校里学的是DJ音标, 而查字典除了DJ音标外, 还有KK音标,或基于DJ和KK音标的变体,所以有时会觉得比较凌乱。

如red,我们在学校里学的是/red/。查字典时,美音常常标为/rɛd/。实际上,两个发音听起来是一样的。

还有KK音标/e/和DJ音标的/eɪ/的发音是一样的。所以要留意字典使用的是什么音标。

《Phytopathology》、《 Plant Disease》 和 《Molecular Plant-Microbe Interactions》[植保相关期刊介绍]

《Phytopathology》、《 Plant Disease》 和 《Molecular Plant-Microbe Interactions》(美国植物病理学会出版)发表的文章在发表12个月后免费开放。部分文章在见刊时就是open access。

我不清楚期刊是如何决定哪些文章是open access,哪些不是。也许随着时代发展,越来越多的期刊open access。老牌期刊也在尝试改变。

《Phytopathology》,1911年创刊,侧重基础病理研究, 2016-2017年影响因子2.896。月刊,年发表163篇。

文章形式包括Research、Letter to the Editor、Symposia、Review、Resource Announcements四种。Letter to the Editor指写做编辑的对期刊文章的进一步解释、扩展或评论。经美国植物病理学会年会委员会主席推荐,年会上的Symposia也可能发表在期刊上。Resource Announcements则指病原菌、植物-微生物相互关系或重要植物的新的大规模测序数据通讯文章。

如投稿,需要小心。部分网友反映审稿很慢。4个月,没等到回复。

《 Plant Disease》,1980年创刊,侧重快速报道新植物疾病的出现、爆发、确认,集中在植物疾病的诊断、发展、防控。 2016-2017年影响因子3.173。月刊,年发表283篇。

文章形式包括Research、Special Reports、Feature Articles、Disease Notes四种。Feature Articles类似review,对某一方面做专题介绍。Feature Articles在发表时就是open access。Disease Notes为对某地新的植物疾病、新的宿主或新的病菌体小种的简短报道。

网友评论,审稿较快,而且很认真。审稿认真对作者来说绝对有帮助。

《Molecular Plant-Microbe Interactions》,1988年创刊,侧重植物与微生物相互作用的分子研究,2016-2017年影响因子4.332。月刊,年发表88篇。

文章形式包括Research、Technical Advances、Spotlight、Focus Sections、Current Review、Letter to the Editor、Resource Announcements八种。Spotlight由主编或高级编辑选择高质量文章做为Spotlight发表。Focus Sections指附有一篇review的、在某一方向的几篇文章。

备考学习的目标

正在等待到时导师的回复,但备考博士生的学习需要开始了。

三本专业书,加一门外语。学习的任务量不算太大,但也不小。

我想带着问题去学习,除了学习书本的知识,坚持跟踪2到3本期刊的论文。每周精读一到两篇论文。带着问题去学专业课。

英语方面:读两本原版英文书,每周写一篇500字的专业综述。考虑春节后开始用“流利说”APP学习英语。

在确定跟踪的学术期刊之后,在本文确定下来学习的时间安排。